La Historia transcurre en el año 2552 época en que los humanos para llegar a otras galaxias son capaces de viajar por encima de la velocidad de la luz, además de verse obligados a colonizar lejanos planetas a causa de la súper población mundial , pero una alianza religiosa de especies alienígenas llamado “El Pacto” desea arrasar a los humano y a su planeta “La Tierra” desatándose una guerra.

Las tropas del pacto son superiores militarmente, y los humanos desarrollan un nuevo tipo de súper soldado utilizando el Planeta Reach. Los SPARTAN –II : serían hombres y mujeres mental y físicamente mejorados con implantes cibernéticos que les darían mejor capacidad para combatir con éxito a los guerreros del Pacto. Sin embargo El Pacto acaba con todos los SPARTAN II atacando las instalaciones del planeta. La nave “Pillar of Autumn” escapa (la única) llevándose al único SPARTAN sobreviviente , el soldado 117 o “Jefe Maestro” (Master Chief).

Tratando de huir y llegar a La Tierra y tratando que el Pacto no localice el planeta hacen un salto a ciegas y llegan a una nueva Galaxia . cuando son nuevamente atacados el ´capitán de la Autumn Jacob Keyes ordena a Master Chief escapar y llevar a la I.A. femenina del ordenador de a bordo, Cortana para salvarla de las fuerzas del Pacto y que no puedan averiguar la ubicación de La Tierra. Aterrizan en una estación espacial en forma de anillo y con superficie viva, llamada Halo. En el segundo y tercer nivel el Master Chief debe reunir a los Marines sobrevivientes y rescatar al Capitán Keyes que esta preso en una nave del Pacto “La Verdad y Reconciliación”.Al ser rescatado Keyes ordena a Master Chief y a Cortana ir a la sala de control de Halo anticipándose a El Pacto, justo donde reaparecieron los Flood. Todo esta tranquilo pero una grabación de los Marines indica que es demasiado tarde, los Flood a través de una serie de agresivas esporas parasitan a los humanos y a las tropas del Pacto convirtiéndolos en verdaderos monstruos.

Los pocos Marines supervivientes junto a Master Chief intentan defenderse de un ataque de los Flood, cuando este se encuentra con “343 Guilty Spark”, el monitor robótico de Halo y le revela que “Los Forerunners” (antigua raza) lo crearon a el y construyeron Halo desapareciendo luego del Universo sin explicación pero antes neutralizaron a los Flood activando “El Indice” pero solo temporalmente.

Dado que los Flood despertaron Guilty Sparks le dice a Master Chief debe recuperar El Indice en la biblioteca subterránea de los Forerunner, lo logra con ayuda de las defensas robotizadas de Guilty Spark. Al encontrarse con Cortana ella le revela de la reactivación del indice de Halo que eliminaria a los Flood pero que eso sucediera tendría que erradicar en un radio de 3 galaxias toda forma de vida (humanos, del Pacto, etc.). Ello causaría que los parásitos muriesen de hambre solo Guilty Spark y sus robots sobrevivirían, convirtiendo al Jefe Maestro en enemigo de 343 Guilty Spark.